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丁彦蕊 性别：女 出生日期：1976.12 职称、职务：教授 电话（手机）： E-mail：yr_ding@jiangnan.edu.cn |
【学术简介】
博士，教授，硕士生导师，纽约大学访问学者，Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences青年编委，Computational Biomedicine编委，中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员，中国计算机学会生物信息学专业委员会通讯委员，江苏省生物医学工程学会生物信息学专委会委员。主要科研兴趣是智能计算与复杂网络、生物信息学。发表第一（通讯）作者SCI论文40余篇；授权发明专利及软件著作权共20多项；主持2项国家自然科学基金、2项“863”重点项目子课题、多项横向课题；参与科技部“重大仪器专项”、“863”项目、国家自然基金、江苏省科技成果转化专项资金A类重点项目等项目；获得教育部科技进步奖二等奖（第三完成人）、中国石油和化学工业联合会科技进步一等奖（第二完成人）等奖项。主持江南大学本科教育教学改革研究项目1项，江南大学研究生教育教学改革研究与实践课题1项。
【工作及研究经历】：
2005.6-2010.5江南大学信息学院
2010.6-2014.3江南大学物联网工程学院
2012.3-2013.3纽约大学访问学者
2014.4-2019.9江南大学数字媒体学院
2019.10-至今江南大学理学院
【研究领域】
智能计算与复杂网络、生物信息学
【主要论著】（部分）
主要论文：
[1] Cheng Zhixing, Xu Deling, Ding Dewu, Ding Yanrui*. Prediction of drug-target interactions with high-quality negative samples and a network-based deep learning framework. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2024, DOI: 10.1109/JBHI.2024.3354953.
[2] Wang Hao, Liu Yanting, Ding Yanrui*. Identifying diagnostic biomarkers for autism spectrum disorder from higher-order interactions using the PED Algorithm. Neuroinformatics, https://doi.org/10.1007/s12021-024-09662-w.
[3] Gao Jiaxuan, Xiao Xiangyang, Yan Qunfang, Ding Yanrui*. CDCS-TCM: A framework based on complex network theory to analyze the causality and dynamic correlation of substances in the metabolic process of traditional Chinese medicine. Journal of Ethnopharmacology, 2024, 328, 118100.
[4] Liu Yanting, Wang Hao, Ding Yanrui*. The dynamical biomarkers in functional connectivity of Autism Spectrum Disorder based on dynamic graph embedding. Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences, 2024, 16(1):141-159.
[5] Xiang Xiaoyang, Gao Jiaxuan, Ding Yanrui*. DeepPPThermo: a deep learning framework for predicting protein thermostability combining protein-level and amino acid-level features. Journal of Computational Biology, 2024, 31(2): 147-160.
[6] Yang Jing, Lu Zhengshu, Chen Xu, Xu Deling, Ding Dewu, Ding Yanrui*. GCNA-Cluster: a gene co-expression network alignment to cluster cancer patients algorithm for identifying subtypes of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2023, 20(6):3556-3566.
[7] Huang Songtao, Ding Yanrui*. Predicting binding affinity between MHC-I receptor and peptides based on molecular docking and protein-peptide interaction interface characteristics. Letters in Drug Design & Discovery. 2023, 20(12): 1982-1993.
[8] Lu Zhengshu, Chen Xu, Yang Jing, Ding Yanrui*. RSC-based differential model with correlation removal for improving multi-omics clustering. Journal of Theoretical Biology. 2023, 556: 111328.
[9] Huang Songtao, Ding Yanrui*. Identification of anticancer and anti-inflammatory drugs from drug-target interaction descriptors by machine learning. Letters in Drug Design & Discovery. 2022, 19(9): 800-810.
[10] Chen Xu, Yang Jing, Lu Zhengshu, Ding Yanrui*. A 70‑RNA model based on SVR and RFE for predicting the pancreatic cancer clinical prognosis. Methods, 2022, 204: 278-285.
[11] Shen Xiangpei, Ding Yanrui*. Human skeleton representation for 3D action recognition based on complex network coding and LSTM. Journal of Visual Communication and Image Representation, 2022,82:103386.
[12] Han Weishan, Wu Yanyan, Wang Xiaxia, Liu Li, Ding Yanrui*. Dissecting the critical pathway crosstalk mechanisms of thyroid cancer based on drug-target genes and disease genes. Biologia, 2021, 76: 3489-3499.
[13] Xu Deling, Wu Yanyan, Cheng Zhixing, Yang Jing, Ding Yanrui*. ACHP: a web server for predicting anti‑cancer peptide and anti‑hypertensive peptide. International Journal of Peptide Research and Therapeutics. 2021, 27: 1933-1944.
[14] Cheng Shu, Ding Yanrui*. The quantitative structure-activity relationships between GABAA receptor and ligands based on binding interface characteristic. Current Computer-Aided Drug Design. 2021,17(6):785-796.
[15] Wu Yanyan, Wang Jie, Wang Xiaxia, Ding Yanrui*. Determination of the key ccRCC-related molecules from monolayer network to three-layer network. Cancer Genetics, 2021, 256-257: 40-47.
[16] Wu Yanyan, Han Weishan, Xu Deling, Wang Xiaxia, Yang Jing, Lu Zhengshu, Chen Xu, Ding Yanrui*. Identification of subtype specific biomarkers of clear cell renal cell carcinoma using random forest and greedy algorithm. Biosystems.2021, 204: 104372.
[17] LüRong, Ding Yanrui*. Community evolution and frequent subgraph patterns affect the thermostability of B. subtilis lipase A. Food Bioscience，2021, 41: 100984.
[18] Zhang Chen, Ding Yanrui*. Probing the relation between community evolution in dynamic residue interaction networks and xylanase thermostability. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021, 18(2): 686-696.
[19] Zhang Ruilin, Ding Yanrui*. Identification of key features of CNS drugs based on SVM and greedy algorithm. Current Computer-Aided Drug Design, 2020, 16(6): 725-733.
[20]陶斯涵，丁彦蕊*.引入序列信息的残基相互作用网络比对算法.软件学报, 2019, 30(11): 3413-3426.
[21] Xia Qian, Ding Yanrui*. Thermostability of lipase A and dynamic communication based on residue interaction network. Protein and Peptide Letters, 2019, 26(9):702-716.
【科研、教学项目】
纵向科研项目：
国家自然科学基金，2022.1-2025.12.
国家自然科学基金，2018.1-2022.12.
国家自然科学基金，2016.1-2016.12.
留学回国人员科研启动基金，2014.9-2015.9.
科技部国家重大科学仪器设备开发专项项目，2013.12-2017.11.
国家自然科学基金，2011.1-2013.12.
江苏省环境检测科研基金项目，2010年.
国家高技术研究发展计划“863”项目，2009.1-2011.12.
国家高技术研究发展计划“863”重点项目，2007.6-2010.5.
教学项目：
1.江南大学研究生教育教学改革研究与实践课题，2019年.
2.江南大学本科教育教学改革研究项目，2017年.
【科研、教学成果及获奖】
科研获奖：
2021年度中国机械工业科学技术奖（科技进步类），排名第3.
2017年获中国轻工业联合会科技进步三等奖，排名第3.
2014年获中国石油和化学工业联合会科学技术奖二等奖，排名第3.
2012年获教育部高等学校betway必威官方网站app优秀成果奖（科学技术）二等奖，排名第2.
2012年获中国商业联合会科学技术奖一等奖，排名第3.
2012年获中国石油和化学工业联合会科学技术奖一等奖，排名第2.
教学获奖：
1. 2011年获得江南大学教学成果奖二等奖，排名第2.
【荣誉与奖励】
获得第七届“江南大学我最喜爱的老师”称号。
【在读硕、博士人数】
硕士7人
【已毕业硕、博士人数】
硕士32人
【以上资料更新日期】
2024年6月
